Sein Studium an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien schloss er mit Auszeichnung ab.
Er debütierte als Solist bei einem Abonnementkonzert des Musikvereins und gastierte bei über 30 namhaften Orchestern, u.a. bei den Wiener Symphonikern. Zahlreiche CD-Produktionen runden sein Oevre ab.
Mit 22 Jahren wurde Magome Mitglied des Bruckner Orchester Linz, wo er 18 Jahre lang als Solo-Fagottist tätig war. 1978 gewann er den ersten Preis beim Wanas-Musikwettbewerb Wien. 1981 wurde er mit dem Förderpreis des Bundesministeriums für Wissenschaft und Kunst ausgezeichnet. Zwischen 1988 und 1992 wirkte er als Gastlektor an der Zentralen Hochschule für Musik Beijing. 1999 brachte er anlässlich seines 20-jährigen Musikerlebens zusammen mit dem Tokyo Symphonie Orchester vier neue Fagottkonzerte zur Aufführung.
Seit 2001 veranstaltet Isamu Magome als musikalischer Direktor das Kawaminami Mozart-Musikfestival in der Präfektur Miyazaki.
Er ist weiters als Professor am Heisei College of Music und als Lektor am Kunitachi College of Music sowie an der pädagogischen Fakultät der Universität Kochi tätig.